Perseteruan Indonesia-Malaysia memanas kembali. Kasus saling tangkap antara Indonesia-Malaysia disebabkan pelanggaran batas laut oleh nelayan Malaysia telah menjadi letupan-letupan yang ke sekian kalinya menggetarkan tali hubungan antara dua bangsa yang mengaku serumpun Melayu ini.
Dimulai dengan semangat menentang Imperialisme dan Kolonialisme yang luar biasa dari bapak pendiri bangsa (founding father) kita, Ir. Soekarno, Presiden Pertama RI itu marah besar karena Malaysia bersedia bergabung dalam persemakmuran di bawah kendali kerajaan Inggris Raya. Kemarahan bapak Proklamator kita itu diwujudkannya dalam semangat “ganyang Malaysia” hingga betul-betul terjadi pertempuran-pertempuran antara kita dengan Malaysia di sekitar Serawak dan Sabah pada waktu itu.
Kemudian keadaan hubungan kedua negara berubah sangat membaik ketika Indonesia di bawah rezim Soeharto, Presiden kedua RI yang bersahabat kental dengan Perdana Menteri Malaysia di masa itu, Mahathir Mohammad. Organisasi persatuan negara-negara di Asia Tenggara, Asean, terbentuk di mana hubungan politik, ekonomi, budaya dan keamanan terjalin mesra antara Indonesia dengan Malaysia, serupa mesranya hubungan pribadi antara Soeharto dengan Mahatir.
Seketika itu kekuatan Barat ketakutan dengan eratnya persatuan negara-negara di Asia Tenggara dan Asia secara luas, serta kebangkitan ekonomi negara-negara di wilayah ini. Mereka mengambil langkah yang tepat dengan menganulir kekuasaan Soeharto, karena seiring lengsernya Soeharto, Asean, Persatuan bangsa-bangsa Asia-Afrika, bahkan Organisasi Konferensi Islam (OKI) seperti tiba-tiba ikut padam, dan tumpul giginya.
Negara-negara Asean kembali ke “habitatnya” masing-masing, termasuk Malaysia yang kembali ke pangkuan Ratu Elizabeth yang cemburu dengan kemesraan Mahatir dengan Soeharto. Begitu juga dengan kekuatan persatuan negara-negara Islam ikut-ikutan melemah, terbukti pembelaan nasib bangsa Palestina melemah di dunia Islam sendiri. Bahkan negara-negara Arab duduk manis dan mengelus-elus senjatanya tanpa mau mempergunakannya lagi untuk membela Palestina.
Ketika para penggerak Reformasi – barisan sakit hati selama rezim Soeharto – berhasil meruntuhkan rezim Orde Baru – mungkin dengan bantuan Barat – semua borok lama diungkap kembali, termasuk buruknya perlakuan Soeharto terhadap mantan Presiden Pertama RI, Soekarno. Di sinilah kemudian sepak-terjang Soekarno dipuji-puji, termasuk sikap tegasnya menentang Imperialisme dan Kolonialisme yang salah satu bentuknya adalah penentangan dengan keras segala bentuk dukungan terhadap Imperialisme dan Kolonialisme seperti masuknya Malaysia ke dalam Commonwealth atau Negara-negara Persemakmuran bekas jajahan Inggris.
Luka lama diungkit-ungkit kembali. Kepedihan bangsa Malaysia yang dirasakan kembali terhadap sikap permusuhan Soekarno ini kemudian semakin memperburuk hubungan kedua negara bertetangga dari waktu ke waktu selama reformasi ini.
